关于印度尼西亚猫的繁殖对动物种群繁殖障碍的影响，目前公开的研究资料较为有限，但结合东南亚地区猫科动物的普遍繁殖问题和相关物种的案例，可以推测以下可能的影响机制：
1. 近亲繁殖导致的遗传多样性下降
种群隔离与遗传瓶颈：印度尼西亚群岛的地理隔离性可能导致猫科动物（如可能存在的本土野生猫或岛屿特有亚种）形成孤立的种群。例如，类似戈罗峡谷狮子的案例，地理隔离会导致基因库收缩，近亲繁殖概率增加，从而引发生育率下降、免疫缺陷和生理畸形等问题。
遗传疾病累积：如猎豹因历史上的基因瓶颈导致遗传多样性极低，易受疾病威胁。若印尼的猫科动物经历类似过程，可能因近亲繁殖积累有害基因，降低种群生存能力。
2. 栖息地破坏与人为干扰
湿地生态系统退化：印尼的湿地是渔猫（Prionailurus viverrinus）等半水生猫科动物的关键栖息地。湿地开发、农业扩张和城市化可能导致栖息地碎片化，迫使猫类进入更小的生存区域，加剧近亲繁殖和资源竞争。
人类活动威胁：包括道路致死、报复性猎杀（如渔猫因捕鱼与人类冲突）以及家猫入侵导致的疾病传播（如猫免疫缺陷病毒）。这些因素直接减少种群数量，间接影响繁殖成功率。
3. 异交与基因污染
家猫与野生猫杂交：若印尼本土猫科动物（如渔猫或豹猫）与家猫发生杂交，可能导致基因污染，削弱野生种群的适应性和独特性。类似苏格兰野猫因与家猫杂交濒临灭绝的案例，异交会稀释野生基因库，最终威胁物种存续。
4. 繁殖生理障碍
环境压力影响繁殖周期：气候变化（如极端干旱或洪水）可能干扰猫科动物的季节性发情周期。例如，日照时间变化影响家猫发情，若类似机制作用于野生种群，可能导致繁殖时机错配或失败。
假孕与交配失败：人为干扰或环境压力可能引发类似家猫的假孕现象，或导致交配行为异常（如公猫性成熟延迟或质量下降），降低繁殖效率。
5. 保护措施的局限性
缺乏针对性研究：印尼对小型猫科动物的研究较少，尤其是渔猫等濒危物种。知识空白可能阻碍有效保护策略的制定，例如未识别关键栖息地或未能实施基因多样性监测。
保护地与种群管理不足：若未建立连片的湿地保护区或未控制家猫入侵，孤立的小种群可能无法恢复，最终因繁殖障碍走向灭绝。
印度尼西亚猫科动物的繁殖障碍可能主要表现为遗传多样性丧失、栖息地破坏导致的种群隔离，以及人类活动的直接威胁。这些因素相互作用，加剧了种群的脆弱性。尽管具体数据有限，但借鉴其他地区类似物种的案例（如亚洲渔猫和戈罗峡谷狮子），亟需加强本土研究、栖息地保护和基因管理以缓解繁殖障碍。
