1. 分类学上的根本差异
喜马拉雅猫属于哺乳纲（Mammalia）、食肉目（Carnivora）、猫科（Felidae）、猫属（Felis），是典型的哺乳动物。其祖先可追溯至始新世的原始猫科动物，属于猫亚科的分支。
爬行动物（如龟、蜥蜴、鳄鱼等）属于爬行纲（Reptilia），其演化历史可追溯至更早期的羊膜动物分支，与哺乳动物的共同祖先需追溯到约3.2亿年前的合弓纲（Synapsida）与蜥形纲（Sauropsida）分化时期。两者在纲级分类上已完全分离，亲缘关系极为遥远。
2. 系统发生学视角
根据现代系统分类法，亲缘关系需基于共同祖先的演化支（单系群）。传统分类中的“爬行纲”因包含非单系群（如排除鸟类后的并系群）而被质疑。例如，鳄鱼与鸟类的亲缘关系更近，同属主龙类，而龟、蜥蜴等则属于其他演化支。
喜马拉雅猫作为哺乳动物，与爬行动物的最近共同祖先需追溯至更原始的羊膜动物，两者在演化树上分属不同的分支，无直接近缘关联。
3. 生理与形态差异
哺乳动物特征：喜马拉雅猫具备哺乳动物的典型特征，如胎生、哺乳、恒温、被毛覆盖等，与爬行动物的卵生、变温、鳞片覆盖等特征形成鲜明对比。
基因差异：亲缘关系的远近可通过DNA差异判断。哺乳动物与爬行动物的基因组差异显著，例如G-C碱基对含量差异较大，进一步支持两者演化距离较远。
4. 趋同进化的例外性
某些哺乳动物与爬行动物可能因适应类似环境而表现出趋同进化（如体型或行为相似性），但喜马拉雅猫并无此类特征。其形态（如长毛、蓝眼）和生态位（家养宠物）与爬行动物差异显著，不存在趋同演化的关联。
喜马拉雅猫作为哺乳动物，与爬行动物在分类学、系统发生学和生理结构上均存在根本差异，两者的亲缘关系极为遥远，属于不同的演化支系。若要追溯共同祖先，需回到羊膜动物分化初期（约3亿年前），而此后两者的演化路径完全独立。
