1. 遗传多样性与种群结构分析
土耳其安哥拉猫作为古老的自然猫种，其基因库承载了独特的遗传信息。研究表明，该品种的线粒体DNA控制区（mtDNA CR）具有较高的核苷酸多样性，尤其是在土耳其本土种群中发现了与欧洲、北美培育品种不同的单倍型结构。这种多样性为研究家猫的驯化历史、迁徙路径及种群分化提供了重要数据。
通过对比土耳其安哥拉猫与随机繁殖家猫的基因差异，研究者发现其遗传特征更接近埃及和突尼斯猫，而非土耳其本土野猫，这揭示了人工选育对遗传结构的重塑作用。
2. 遗传疾病与基因关联研究
土耳其安哥拉猫的繁殖推动了特定遗传疾病的研究。例如，该品种中常见的先天性耳聋与白毛色、蓝眼基因（W基因）的关联性被广泛探讨，为动物听觉遗传学提供了模型。
该品种的遗传性共济失调和肥厚型心肌病（HCM）等罕见疾病的研究，帮助科学家定位相关基因突变，并为其他猫科动物遗传病的机制研究提供参考。
3. 人工选育对基因型的影响
土耳其安哥拉猫历史上被用于改良波斯猫等品种，其基因渗入现象揭示了人工选育对品种基因型的影响。例如，早期波斯猫的培育依赖土耳其安哥拉猫的长毛基因，但现代波斯猫因过度选育（如扁平面部特征）导致基因多样性下降，而安哥拉猫的基因库相对保留了更原始的多样性。
近年来，土耳其通过保护中心（如安卡拉安哥拉猫保护中心）实施严格的繁殖计划，禁止出口以维持纯种基因谱系，这种人为干预为研究遗传资源保护策略提供了实践案例。
4. 驯化与适应性进化研究
作为新月沃土驯化的代表性猫种之一，土耳其安哥拉猫的基因研究为家猫的驯化历史提供了关键线索。其线粒体单倍型分布支持家猫起源于非洲野猫（Felis silvestris lybica）的假说，并揭示了驯化过程中自然选择与人工选育的相互作用。
该品种对高海拔环境的适应性特征（如蓬松被毛）也被用于研究自然选择压力下的基因表达变化。
5. 跨品种遗传比较与育种技术优化
土耳其安哥拉猫与土耳其梵猫的基因对比研究，揭示了不同纯种猫在遗传分化上的差异，为优化育种策略（如避免近亲繁殖导致的基因缺陷）提供了科学依据。
其繁殖过程中对毛色、眼色的选育（如异色瞳的保留）也推动了毛色遗传学的研究，尤其是W基因与色素沉着、感官功能的关联机制。
土耳其安哥拉猫的繁殖不仅为动物遗传学研究提供了独特的模型，还通过其基因多样性、疾病关联性及人工选育历史，深化了人类对家猫进化、遗传疾病机制和种群管理策略的理解。未来，随着基因组测序技术的进步，该品种可能在精准遗传学研究和濒危物种保护中发挥更大作用。
