东方短毛猫的祖先在历史上的生物多样性主要体现在其杂交起源与多品种基因融合的过程中，其品种的形成经历了复杂的跨地域和跨品种的基因交流。以下是基于多源资料的分析：
1. 原始基因来源：泰国本土猫与暹罗猫
东方短毛猫的起源可追溯到泰国（古称暹罗），其祖先与暹罗猫同源。早期泰国的单色短毛猫与重点色暹罗猫共享相似的体型特征，但毛色未被当时的繁育标准接受，因而被归类为“外国短毛猫”。
有人认为，东方短毛猫可能是更原始的泰国猫种，而暹罗猫仅是其后代的一个重点色变种。这种观点暗示其基因池中保留了未被现代暹罗猫完全覆盖的原始多样性。
2. 欧洲杂交与基因引入
20世纪50年代的英国杂交计划：为创造纯白蓝眼的暹罗猫，英国繁育者将暹罗猫与俄罗斯蓝猫、英国短毛猫、阿比西尼亚猫及普通家猫杂交。这些杂交后代中，非重点色的个体成为现代东方短毛猫的雏形。
美国后期的基因扩展：20世纪70年代后，美国进一步引入其他短毛猫品种（如欧洲短毛猫），培育出巧克力色、白色、蓝色等新毛色，并发展出虎斑、大理石纹等复杂花色，极大丰富了其基因多样性。
3. 形态与功能的适应性演化
东方短毛猫的楔形头部、修长躯干和大耳朵等特征，既继承了暹罗猫的基因，也受到俄罗斯蓝猫（体型纤细）和阿比西尼亚猫（肌肉线条）的影响。
其短而紧贴皮肤的毛发可能源于英国短毛猫的基因贡献，而多样的毛色（如薰衣草色、赭色等）则反映了多品种杂交的叠加效应。
4. 现代基因库的多样性
目前东方短毛猫被CFA认可的颜色超过300种，涵盖单色、斑纹、玳瑁色等多种类型，这一多样性直接源于历史上的多轮杂交和人工选择。
其基因中可能还包含未被明确记录的普通家猫基因，进一步增强了抗病性和环境适应能力。
东方短毛猫的祖先生物多样性不仅体现在泰国本土猫种的原始基因，更通过欧洲与美国的系统性杂交，融合了暹罗猫、俄罗斯蓝猫、英国短毛猫等多个品种的遗传特征。这种多样性使其在形态、毛色和行为上呈现出高度可塑性，成为兼具古老血统与现代人工选择的典型范例。
