日本短尾猫的毛色变化主要与其遗传基因和自身性别相关，而非饲养者的性别。根据遗传学规律和品种特征，以下几点可以解释其毛色变化的机制：
1. 毛色的遗传基因决定
基础颜色与性别关联：猫的毛色基因位于X染色体上，公猫（XY）仅能携带一个X染色体，因此通常表现为单一颜色（如黑、红或稀释色）；母猫（XX）因有两个X染色体，可同时携带两种颜色基因，从而形成三色（如玳瑁色或红白黑三色）。
三色与母猫的关联：日本短尾猫中，三色（红、白、黑）和玳瑁色（黑、红、乳黄）几乎全为母猫，因为三色需要两个X染色体携带不同颜色基因。公猫若出现三色，通常因染色体异常（XXY）导致，但极为罕见且多无生育能力。
2. 日本短尾猫的特殊毛色表现
文化象征与基因突变：日本短尾猫的经典三色被视为幸运象征，并被认为是招财猫的原型。其毛色变化源于自然基因突变（如短尾基因），而非人为干预或饲养者性别的影响。
淡化色的形成：其他颜色（如蓝色、乳色）是基础色（黑、红）通过隐性淡化基因（d）修饰的结果，需父母均携带该基因才能显现。
3. 短尾基因的隐性遗传
短尾特性由隐性基因控制，仅当双亲均携带该基因时，后代才会表现出短尾特征。这一遗传规律独立于毛色基因，进一步说明毛色与饲养者性别无关。
4. 饲养者角色与毛色的无关性
饲养者的性别不会影响猫的遗传基因表达。毛色由猫自身的染色体组合决定，与饲养者的性别、饲养方式无直接关联。
日本短尾猫的毛色变化主要由其遗传基因和性别决定，尤其是母猫更易出现复杂毛色组合（如三色）。饲养者的性别对此无影响，但科学的繁育选择（如配对携带特定基因的种猫）可能间接影响后代毛色表现。
